本题考查资源税应纳税额的计算。
选项A当选，具体计算过程如下：
（1）征税对象为原矿或者选矿的，应当分别确定具体适用税率，自采原矿直接销售，按照原矿计征资源税，应缴纳资源税=500×6.5%=32.5（万元）。
（2）纳税人以自采原矿洗选加工为选矿产品，按照选矿产品计征资源税，在原矿移送环节不缴纳资源税，应缴纳资源税=240×5%=12（万元）。
综上，该企业应缴纳资源税=32.5+12=44.5（万元）。
选项B不当选，误将移送加工选矿的100吨原矿在移送环节计征资源税，选矿出售环节没有计算资源税。
选项C不当选，误将移送加工选矿的100吨原矿在移送环节计征资源税，选矿出售环节再次计征资源税。
选项D不当选，仅计算原矿产品的资源税。