本题考查环境保护税应纳税额的计算。
选项D当选，应税水污染物按污染当量数确定计税依据，污染当量数=污染物排放量÷污染当量值=3÷0.02=150，应纳环境保护税=污染当量数×税额=150×12=1 800（元）。
选项A不当选，误以污染物排放量乘以污染当量值作为计税依据。
选项B不当选，误以污染当量值除以每污染当量计算应纳税额。
选项C不当选，误以水污染物排放量作为计税依据。