HLA复合体有多基因性、多态性、单元型遗传、共显性遗传、连锁不平衡等遗传特征。多基因性指复合体由多个位置相邻的基因座位所组成，编码产物具有相同或相似的功能。多态性指一个基因座位上存在多个等位基因。单元型指的是染色体上MHC不同座位等位基因的特定组合。HLAⅠ类和Ⅱ类等位基因产物的表达具有共显性特点，即同源染色体对应座位上的两个等位基因都能得到表达。连锁不平衡指分属两个或两个以上基因座位的等位基因，同时出现在一条染色体上的机率高于随机出现的频率。