D项正确：有完整细胞核的微生物是真菌，真菌属于真核细胞型微生物，细胞核高度分化，有核膜和核仁，胞浆内有完整的细胞器。A、B、C、E错误：立克次体、放线菌、细菌、衣原体均属于原核细胞型微生物，这类微生物的原始核呈环状裸DNA团块结构，无核膜、核仁，细胞器很不完善，只有核糖体排除。故正确答案为D。