某些学龄前儿童和年长儿童有急性上呼吸道感染症状，如鼻塞、流涕、鼻痒、打喷嚏、咳嗽等症状，可持续超过2周或反复发作，而全身症状则较轻，应考虑变应性鼻炎。鼻拭子涂片嗜酸性粒细胞计数增多有助于诊断。疱疹性咽峡炎应与手足口病鉴别。后者常见病原体为柯萨奇病毒A组16型和肠道病毒71型（EV71）。只有咽腭弓、腭垂、软腭等处疱疹者，临床诊断为疱疹性咽峡炎；若伴手足掌侧出现疱疹者，则临床诊断为手足口病。