结核菌素试验阴性的意义较为复杂，不能简单地提示肯定没有结核菌感染。在结核菌感染的早期，即感染后的4~8周内，机体尚未建立起充分的变态反应，此时结核菌素试验可为阴性。此外，一些特殊情况如老年人、营养不良者、严重免疫功能低下者（如应用免疫抑制剂者、艾滋病患者等），即使感染了结核菌，也可能出现结核菌素试验阴性的结果。还有部分患者感染的结核菌数量较少或毒力较弱，也可能导致试验阴性。