冷冻干燥中存在的主要问题有（1）含水量偏高：装入容器中的药液过厚、升华干燥过程中供热不足、冷凝器的温度偏高或真空度不够均可能导致含水量偏高。（2）喷瓶：如果供热太快、受热不匀或预冻不完全，则易在升华过程中使制品部分液化，在真空减压条件下产生喷瓶。（3）产品外形不饱满或萎缩：一些黏稠的药液由于结构过于致密，在冻干过程中内部水蒸气逸出不完全，冻干结束后，制品会因潮解而萎缩。