A

《专利合作条约》对"申请"做了定义，"申请"是指保护发明的申请；述及"申请"应解释为述及发明专利、发明人证书、实用证书、实用新型、增补专利或增补证书、增补发明人证书和增补实用证书的申请。由此可知，在专利合作条约中，申请应仅包括上述所列举的几种，即通过专利合作条约途径，申请人可以在成员国获得以上类型的工业产权保护。由于专利合作条约所述的申请不包括外观设计和商标，故A选项正确