(1)宠物饲料适用增值税税率为9%，本题属于购进农产品用于生产适用9%（而非13%)税率的货物，因此，适用的农产品扣除率为9%（已知条件已告知)；(2)购进农产品取得小规模纳税人按3%征收率开具的增值税专用发票的，计算抵扣进项税额（而非按票面税额抵扣）；(3)甲公司当月购进该批农产品准予抵扣的进项税额=增值税专用发票上注明的金额10000元×已知条件提供的扣除率9%=900（元)。