治疗泌尿系统感染的目的，是要达到尿液无菌，因此选用药物必须是尿液浓度高的药物。临床上药物使用是应持续至病人体温正常、全身症状消失、细菌培养转阴后两周。由于对某些药物敏感的细菌5%～10%会产生耐药菌株，可同时应用两种或两种以上的抗菌药物。急性期尿细菌培养尚无结果时，可先根据尿沉渣涂片革兰染色对致病菌作出初步估计，选用合适的药物。