微波烹调过程对大部分农药的去除作用小，影响不大；使用劣质微波包装材质可能引起化学污染物向食品中迁移；微波加热时微波用纸等碎裂、烧焦，造成食品的物理性污染；在加热不彻底的情况下，微波食品可以残存微生物；酶天然毒性是食品酶制剂的卫生学问题，不是微波食品的卫生学问题。