肠结核主要由人型结核杆菌引起。结核杆菌侵入肠道的主要途径是经口感染。患者多有开放性肺结核或喉结核，因经常吞下含有结核杆菌的痰液而引起发病。经常和患肺结核的患者共餐，忽略餐具的消毒和隔离，也可致病。饮用未经消毒的含牛型结核杆菌牛奶也可致病。结核杆菌血行感染也引起肠结核，腹腔内结核病灶直接蔓延也是肠结核发病的原因，但四项原因不是主要原因。