慢性间质性肾炎的病因多种多样：全身性疾病如自身免疫病干燥综合征、代谢性疾病高尿酸血症等；中药如含马兜铃酸药物关木通、广防己等；西药如镇痛药、环孢素等；重金属如铅、镉、砷等；放射线；微生物感染等等。有效循环血容量不足可以导致肾前性急性肾衰竭而不是慢性间质性肾炎。