目前公认的三叉神经痛最常见的原因是在后颅窝内动脉交叉压迫三叉神经，这是由Jannet-ta在1982年提出的。在电子显微镜下观察从患有三叉神经痛的患者的三叉神经活检标本可以观察到邻近动脉压迫区域轴突肿胀和脱髓鞘现象。尽管三叉神经痛多见于多发性硬化的患者，但三叉神经痛的患者中仅有一小部分患有多发性硬化，而这并不能解释所有的病例。