选项A不正确，企业研发机构同时承担生产经营任务的，应对研发费用和生产经营费用进行区分核算，划分不清的，不允许加计扣除；选项B是正确的，企业共同合作开发的项目，凡符合规定条件的，由合作各方就自身承担的研发费用，分别按照规定加计扣除；选项C不正确，对于企业委托外单位进行开发的研发费用，符合条件的，按规定由委托方加计扣除，受托方不得再进行加计扣除，而不是协商确定；选项D正确，企业在一个纳税年度内有多个研发项目的，应按不同研发项目分别归集可加计扣除的研发费用；选项E正确，研发费用计入当期损益未形成无形资产的，允许加计75%扣除，实际可以扣除的金额就是当年研发费用实际发生额的175%。