(来学网)A市税务稽查局2020年11月5日到一般纳税人甲公司进行税务检查发现如下问题：
（1）甲公司于2020年3月将其于2008年3月外购的仓库对外转让，该仓库购入时的价值为200万元，转让价款为500万元（含税），甲公司选择按照简易计税办法缴纳增值税14.29万元。稽查局认为甲公司应按照500万元作为计税依据缴纳增值税，要求甲公司限期补缴增值税及滞纳金，同时处以应补缴税款50%的罚款。
（2）甲公司于2020年5月22日支付给境外某企业（境内无代理机构）一笔50万元的咨询费，经核查发现，该笔咨询费为境外企业为甲公司在境内提供会计咨询所取得，甲公司未进行任何税务处理。
（3）甲公司2020年4月1日至10月31日利润表中营业收入合计为2890万元，甲公司经营业务包括销售商品、提供工程安装服务、公路运输服务、技术咨询服务稽查局发现甲公司在会计核算时并未分别核算各个项目的收入。
要求：
1.根据资料（1），分析甲公司纳税是否存在问题并简要说明理由，同时说明对税务稽查局的处理决定应当如何应对。
2.根据资料（2），说明甲公司应当履行哪些义务，并说明税务机关可以采取哪些处罚措施。
3.根据资料（3），说明甲公司将如何计算增值税，并提供改进建议。