(1)甲乙公司约定由乙公司在行李箱上独占使用被许可注册商标，商标权人及任何第三人不能在行李箱上使用该商标，因此该使用许可的性质属于独占使用许可。(2)根据《商标法》第四十三条的规定，许可合同未经备案的，不影响合同的生效，但不得对抗善意第三人。根据《商标法实施条例》第六十九条的规定：“许可他人使用其注册商标的，许可人应当在许可合同有效期内向商标局备案并报送备案材料。”因此应由甲公司备案。(3)对注册商标专用权质押合同的登记与否不影响合同的生效。根据原《物权法》第二百二十七条（现《民法典》第四百四十四条）的规定，丙公司的质权自办理出质登记时设立。(4)乙公司的使用许可合同未经备案，不得对抗善意第三人。丙公司与甲公司之间的合同未约定质押商标的使用问题，因此丙公司无权禁止乙公司使用“上下左右”商标。(5)乙公司与甲公司之间的使用许可合同未经备案，不能对抗善意第三人，即不能对抗丙公司，因此丙公司获得的质权所指向的质押物上是没有负担的。丁公司通过法院拍卖获得该注册商标，该注册商标上是不存在乙公司的许可使用权的。如丁公司不允许乙公司继续使用“上下左右”商标，乙公司可要求甲公司承担违约责任。