(1)选项B正确，纳税人转让不动产，按照有关规定差额缴纳增值税的，如因丢失等原因无法提供取得不动产时的发票，可向税务机关提供其他能证明契税计税金额的完税凭证等资料，进行差额扣除。2016年4月30日及以前缴纳契税的：增值税应纳税额=［全部交易价格（含增值税）-契税计税金额（含营业税）］÷（1+5%）×5%。该机械厂转让厂房应缴纳增值税=（3100-1560）÷（1+5%）×5%=73.33（万元）。(2)选项B正确，在不考虑印花税和地方教育附加的情况下，准予扣除的转让环节的税金有城市维护建设税和教育费附加，该机械厂位于市区，城市维护建设税适用7%的税率，教育费附加的征收率为3%。准予扣除的转让环节的税金=73.33×（7%+3%）=7.33（万元）。(3)选项C正确，纳税人转让旧房能够取得评估价格的，应按房屋及建筑物的评估价格、取得土地使用权所支付的地价款和按国家统一规定交纳的有关费用以及在转让环节缴纳的税金作为扣除项目金额计征土地增值税，本题中没有提及地价款和有关费用，故准予扣除项目金额=评估价格+转让环节有关税金。旧房及建筑物的评估价格=重置成本价×成新度折扣率=3800×40%=1520（万元）。准予扣除项目金额=1520+7.33=1527.33（万元）。(4)选项B正确。应税收入=3100-73.33=3026.67（万元）；增值额=3026.67-1527.33=1499.34（万元）；增值率=1499.34÷1527.33×100%=98.17%，适用税率40%，速算扣除系数为5%。应缴纳的土地增值税额=1499.34×40%-1527.33×5%=523.37（万元），