(1)甲公司直接缴纳的来自乙公司股息的预提所得税＝1000×5%＝50（万元）。(2)间接抵免条件：直接或者间接持股方式合计持股20%以上（含）。甲公司来自乙公司的股息所得，符合间接抵免条件，因为甲公司对乙公司的直接持股比例超过20%。乙公司所纳税额属于由甲公司负担的部分＝（本层企业就利润和投资收益所实际缴纳的税额＋符合规定的由本层企业间接负担的税额）×本层企业向一家上一层企业分配的股息（红利）÷本层企业所得税后利润额＝500×1000÷4500＝111.11（万元）。(3)甲公司来自乙公司股息所得调整后的应纳税所得额＝境外股息、红利税后净所得＋该项所得直接缴纳和间接负担的税额之和－计算企业应纳税所得总额时已按税法规定扣除的有关成本费用中与境外所得有关的部分进行对应调整扣除＝（1000－50）＋（50＋111.11）－20＝1091.11（万元）。(4)抵免限额＝1091.11×25%＝272.78（万元），直接缴纳和间接负担的税额＝50＋111.11＝161.11（万元），小于272.78万元，所以按照161.11万元抵免。需补缴税款＝272.78－161.11＝111.67（万元）。