本题考查存货成本的确定。小规模纳税人采购过程中发生的增值税不得抵扣，应计入存货成本；运输途中发生的非合理损耗应计入当期损益，不计入存货成本。因此，存货的采购成本=300000（购买价款）+39000（不可抵扣的进项税额）-500（运输途中发生的非合理损耗）=338500（元），选项A当选。
选项B不当选，未扣除运输途中发生的非合理损耗；选项C不当选，未将小规模纳税人不可抵扣的增值税税额计入材料入账价值且未扣除运输途中发生的非合理损耗；选项D不当选，未将不可抵扣的增值税计入材料入账价值。