本题考查债务重组采用特殊性税务处理时非股权支付部分的税务处理。
选项A当选，具体计算过程如下：
（1）对于企业重组特殊性税务处理：交易中股权支付的部分，暂不确认有关资产的转让所得或损失；交易中非股权支付部分仍应在交易当期确认相应的资产转让所得或损失，并调整相应资产的计税基础。
（2）非股权支付比例=非股权支付金额÷被转让资产的公允价值=3 600÷（32 400+3 600）×100%=10%。非股权支付对应的资产转让所得或损失=（被转让资产的公允价值-被转让资产的计税基础）×非股权支付比例=（32 400+3 600-3 000×10）×10%=600（万元）。
综上，甲企业股权转让所得的应纳税所得额为600万元。
选项B不当选，误将股权支付的部分确认转让所得。
选项C不当选，误以为特殊性税务处理下，交易中无论股权支付的部分还是非股权支付的部分，均不确认所得或损失。
选项D不当选，误将转让的所有股权确认股权转让所得。