本题考查环境保护税应纳税额的计算。
选项D当选，具体计算过程如下：
（1）应税水污染物的计税依据按照污染物排放量折合的污染当量数确定。污染当量数=该污染物的排放量÷该污染物的污染当量值。
畜禽养殖业水污染物的污染当量数，以该畜禽养殖场的月均存栏量除以适用的污染当量值计算。
水污染物当量数=3 000÷1=3 000
（2）应纳税额=污染当量数×定额税率。
故应缴纳环境保护税=3 000×2=6 000（元）。