本题考查环境保护税应纳税额的计算。
选项B当选，应税水污染物的计税依据按照污染物排放量折合的污染当量数确定：
污染当量数=该污染物的排放量÷该污染物的污染当量值
畜禽养殖业水污染物的污染当量数，以该畜禽养殖场的月均存栏量除以适用的污染当量值计算。
污染当量数=3×10 000÷30=1 000
应缴纳环境保护税=1 000×2=2 000（元）
选项A不当选，误用污染当量数除以税额计算缴纳环境保护税。
选项C不当选，误以月均存栏量作为计税依据，且除以税额计算缴纳环境保护税。
选项D不当选，误以月均存栏量作为计税依据。
提示：规模化养殖指存栏规模大于50头牛，500头猪，5 000羽鸡、鸭等的畜禽养殖场。