(1)该机械厂转让厂房应缴纳增值税=（3100-1560）/（1+5%）×5%=73.33（万元）。纳税人转让不动产，按照有关规定差额缴纳增值税的，如因丢失等原因无法提供取得不动产时的发票，可向税务机关提供其他能证明契税计税金额的完税凭证等资料，进行差额扣除。2016年4月30日及以前缴纳契税的：增值税应纳税额=[全部交易价格（含增值税）-契税计税金额（含营业税）]÷（1+5%）×5%。(2)该机械厂转让厂房计算土地增值税时准予扣除的转让环节的税金=73.33×（7%+3%）=7.33（万元）。注意审题，题目没有要求计算印花税和地方教育附加。(3)评估价格=重置成本价×成新度折扣率=3800×40%=1520（万元）；准予扣除项目金额=1520+7.33=1527.33（万元）。(4)土地增值额=3100-73.33-1527.33=1499.34（万元）。增值率=1499.34/1527.33×100%=98.17%，适用税率为40%，速算扣除系数为5%，该机械厂转让厂房应缴纳土地增值税=1499.34×40%-1527.33×5%=523.37（万元）。