A选项（停用抗生素）：对于泌尿系统感染，尤其是像该患者这样明确中段尿培养出大肠埃希菌且菌量＞10^5个/ml的情况，虽然经过3天抗生素治疗体温已正常，但此时感染可能并未被彻底清除，如果贸然停用抗生素，很容易导致病情反复，所以不能直接停用抗生素，A选项错误。
B选项（青霉素巩固治疗1周）：该患者中段尿培养提示为大肠埃希菌感染，而青霉素对大肠埃希菌一般不敏感，不是针对此次病原菌的有效抗菌药物，使用青霉素巩固治疗不能很好地控制病情、清除病原菌，B选项错误。
C选项（改口服抗生素，完成2周疗程）：泌尿系统感染尤其是急性肾盂肾炎，治疗原则通常要求在症状缓解（如体温正常等）后，要继续使用抗生素巩固治疗，一般采用改口服抗生素的方式完成足够疗程，对于急性肾盂肾炎来说，常规疗程多为2周左右，这样可以彻底清除病原菌，防止复发，所以该选项正确。
D选项（碱化尿液）：碱化尿液常用于一些特殊情况，比如尿酸结石、某些药物中毒等情况，以促进尿酸排泄或增强药物排泄等，但对于该患者目前处于抗感染治疗阶段，且体温已正常，主要任务是继续巩固抗感染，碱化尿液不是此时的主要治疗措施，D选项错误。
E选项（如尿培养阴性，停用抗生素）：仅依据尿培养阴性就停用抗生素不够严谨，因为尿培养可能存在假阴性情况，而且即使单次培养阴性，也不能确保体内病原菌已被完全清除，还是需要按照规范的疗程完成治疗，所以不能单纯以尿培养阴性来决定停用抗生素，E选项错误。
综上所述，此时的主要治疗是改口服抗生素，完成2周疗程，选择C选项。