(1)契税应计入不动产的成本，计提折旧在税前扣除。应缴纳的契税=12000×4%=480（万元），应补提折旧=480÷20÷12×7=14（万元）。甲企业2022年的利润总额=12400-14=12386（万元）。(2)业务招待费扣除限额1=（56000+4000）×5‰=300（万元），业务招待费扣除限额2=580×60%=348（万元），扣除限额1＜扣除限额2，业务招待费应调增的应纳税所得额=580-300=280（万元）。(3)职工福利费扣除限额=6000×14%=840（万元）＜870万元，应调增应纳税所得额=870－840=30（万元）；
工会经费扣除限额=6000×2%=120（万元）＜140万元，应调增应纳税所得额=140－120=20（万元）；
软件企业的职工培训费，单独进行核算可在税前据实扣除，除职工培训费外的职工教育经费=760-150=610（万元），职工教育经费扣除限额=6000×8%=480（万元），应调增应纳税所得额=610-480=130（万元），三项经费合计应调增应纳税所得额=30+20+130=180（万元）。(4)选项A：支付的合同违约金，可以在计算应纳税所得额时扣除。
选项C：人员人工费用包括直接从事研发活动人员的工资薪金、基本养老保险费、基本医疗保险费、失业保险费、工伤保险费、生育保险费和住房公积金，以及外聘研发人员的劳务费用。人员人工费用属于加计扣除的研发费用范围。(5)国债利息收入免税，调减100万元；研究开发经费应调减应纳税所得额=4000×100%=4000（万元）；甲企业2022年应纳税所得额=12386-100+180+280-4000+200+350=9296（万元）。(6)依法成立且符合条件的国家鼓励的软件企业，自获利年度（2019年）起，企业所得税享受“两免三减半”的优惠政策，甲企业2022年应缴纳的企业所得税=9296×25%×50%=1162（万元）。