(1)2020年全年B机构的分摊比例=[0.35×9000÷（9000+5000）+0.35×220（220+130）+0.3×3000÷（3000+3000）]×100%=59.5%；C机构的分摊比例=[0.35×5000÷（9000+5000）+0.35×130÷（220+130）+0.3×3000÷（3000+3000）]×100%=40.5%。(2)汇总纳税企业应预缴的税款，50%在各分支机构间分摊，各分支机构根据分摊税款就地办理缴库，50%由总机构分摊缴纳。A机构第一季度应分摊预缴企业所得税=1000×50%×25%=125（万元）。(3)会计入员自行计算的B机构分摊比例为55%，则B机构第一季度预缴税款=1000×50%×55%×25%=68.75（万元）。B机构第一季度实际应预缴的企业所得税=1000×50%×59.5%×25%=74.38（万元），则B机构第一季度少缴税款=74.38-8.75=5.63（万元），应在第二季度预缴时补缴。第二季度B机构应预缴税款为74.38万元加上应补缴的税款。则B分支机构第二季度实际预缴的税款=74.38+5.63=80.01（万元）。(4)会计入员自行计算的C机构分摊比例为45%，则C机构第一季度预缴税款=1000×50%×45%×25%=56.25（万元）。C机构第一季度实际应预缴的企业所得税=1000×50%×40.5%×25%=50.63（万元），则C机构第一季度多缴税款=56.25-0.63=5.62（万元），应在第二季度预缴时扣减。第二季度C机构预缴税款应为50.63万元减去第一季度多预缴的税款5.62万元。则C分支机构第二季度实际预缴的税款=50.63-5.62=45.01（万元）。